A endometriose profunda é definida como a penetração de focos de endometriose nos órgãos por mais de 5mm (0,5cm). Portanto, existem formas profundas relativamente pequenas e que afetam regiões menos perigosas (por exemplo, medindo 1 cm e que atinge os ligamentos uterossacros) e outras formas profundas mais extensas – por exemplo, lesão de 4cm e que atinge o intestino. Quanto mais perigoso o local (intestino, bexiga, ureter, p ex.) e quanto maior a lesão, maior a chance de necessitar da cirurgia.

Outra questão relevante para indicar a cirurgia é a qualidade de vida da mulher, especialmente em relação à intensidade da dor. Aquelas mulheres que não estão tentando engravidar podem optar em fazer o uso de hormônios. A intenção é impedir o crescimento da doença e diminuir a intensidade da dor; desta forma a mulher pode ser acompanhada, sem a necessidade de uma cirurgia imediata. Porém, muitas mulheres não apresentam melhora satisfatória da dor ou passam a ter dor quando param o uso de hormônio para tentar engravidar. Se a qualidade de vida tornar-se ruim (dor pélvica, cólica menstrual, dor na relação sexual, p. ex), a cirurgia pode ser uma boa indicação.

Nas mulheres com dificuldade de engravidar por conta da endometriose, a cirurgia bem realizada pode aumentar a chance de gravidez. Porém, as mulheres que não possuem lesões muitos extensas e não apresentam dor podem optar pelas técnicas de reprodução assistida para tentar obter a gravidez.