Mulheres com endometriose podem se queixar de infertilidade em até 50% dos casos.
Nos casos mais graves é mais fácil entender porque a endometriose leva à infertilidade. Nesses casos existem muitas aderências, que impedem a mobilidade adequada das tubas e consequente dificuldade em captar o óvulo. Porém, nos casos mais leves, existe um processo inflamatório dentro da barriga que dificulta a sobrevivência do óvulo após a ovulação e, dessa maneira, mesmo que não haja aderências ou obstrução das tubas, a mulher pode ter dificuldade em engravidar. O tratamento por laparoscopia com resseccao de todos os focos de endometriose ou , mais modernamente, a cirurgia robótica aumentam a chance de gravidez. Caso a mulher não tenha dor e a doença não seja muito grave, pode optar em fazer fertilização in vitro.