Como o principal sintoma da endometriose é a cólica menstrual, a mulher fica na dúvida se tem ou não a doença, pois essa cólica está presente na maioria das mulheres que menstruam. Entretanto, na presença da endometriose a cólica tende a ser bem intensa.

Com passar do tempo existe a tendência de surgirem outras formas de dor. A mulher pode reclamar de dor lombar forte, que pode ser confundida com problemas de coluna. Não é raro que a mulher com endometriose tenha ido a vários ortopedistas antes do diagnóstico da doença. A dor também pode se irradiar para a raiz da coxa e para a perna, podendo chegar abaixo do joelho. Algumas mulheres acham que o problema é no nervo ciático e na maioria das vezes esse não é o problema (apesar da endometriose mais grave atingir o nervo ciático).

O quadro mais comum é a presença de endometriose infiltrando os ligamentos uterossacros (saem do útero e se inserem próximo da região lombar). Neste local existem nervos que podem transmitir a dor para a região lombar. A mulher também pode se queixar de dor na relação sexual dependendo da posição. A cirurgia com retirada desta lesão costuma melhor muito o quadro de dor.