Na maioria das vezes a cólica menstrual forte é o primeiro alerta. Com passar do tempo existe a tendência de surgirem outras formas de dor. A mulher pode reclamar de dor lombar forte, que pode ser confundida com problemas de coluna. Não é raro que a mulher com endometriose tenha ido a vários ortopedistas antes do diagnóstico da doença. A dor também pode se irradiar para a raiz da coxa e para a perna, podendo chegar abaixo do joelho. Algumas mulheres acham que o problema é no nervo ciático e na maioria das vezes esse não é o problema. Outra queixa frequente é a dor na relação sexual, especialmente no fundo, de acordo com a posição. Isso ocorre na maior parte das vezes pela presença da infiltração da endometriose nos ligamentos útero-sacros ou na vagina.

Com o passar do tempo pode surgir dor para evacuar, principalmente durante a menstruação. Pode ter dor quando existe movimentos intestinais ou mesmo quando vai sentar. A mulher pode notar também sangramento pelo reto naquele período. Pode ter distensão abdominal (aumento da barriga por excesso de gases) e ter intestino acelerado, ou até diarreia durante a menstruação. Não é raro um diagnóstico errôneo de síndrome do cólon irritável (que pode estar realmente associada em alguns casos). Mulheres com foco de endometriose na bexiga podem se queixar de dor para urinar ou acharem que tem “cistite de repetição”. Muitas vezes não tem infecção alguma – a “cistite”é causada pela inflamação do foco. Na cistite verdadeira (infecção urinária), existe crescimento de bactérias na urina.