Infelizmente a retirada do útero não resolve o problema. A endometriose fica localizada fora do útero. A retirada do órgão apenas elimina a menstruação e talvez evite o surgimento de novos focos. Porém, os focos profundos já estabelecidos não são todos eliminados com a retirada do útero. Esses focos residuais podem manter a dor e manter os riscos ao intestino e às vias urinárias. A cirurgia apropriada envolve a ressecção completa dos focos – a retirada do útero isoladamente não resolve o problema. Um problema sério pode ocorrer quando se retira o útero e os ovários são mantidos (para evitar a menopausa). A endometriose pode se formar no ovário que ficou (endometrioma) e infiltrar a bexiga e intestino, que agora estão mais próximos um do outro pela retirada do útero. A retirada de ambos os ovários (com ou sem a retirada do útero) também não costuma ser a melhor opção. Apesar do crescimento da endometriose ser muito raro após a retirada dos ovários, a falta dos hormônios traz uma série de problemas para a mulher, como o aumento de doenças cardiovasculares e osteoporose. Lembrar que o foco de endometriose pode produzir uma enzima que produz o estrogênio localmente, mesmo que a mulher não tenha mais os ovários. Por isso em alguns poucos casos pode haver crescimento do foco de endometriose após a menopausa.